Bár a francia orvostudomány – csakúgy, mint a nemzetközi – rengeteg változáson ment keresztül a késő középkor és a kora újkor hajnalán, még mindig számtalan lényegi dolog volt, amiről vajmi keveset tudtak. A XVII-XVIII. századig alig volt fogalmuk a szervek funkciójáról, az érzékszervek működéséről, arról, hogy milyen szerepet tölt be a légzés és a vérkeringés az életfolyamatok fenntartásában, a szerveket alkotó szövetek és sejtek létezéséről, a betegségek természetéről, okairól illetve a gyógyszerek hatásmechanizmusáról. Ahhoz azonban, hogy könnyebben megértsük a kora újkori orvostudomány újdonságait és a társadalmi hozzáállást a korabeli medicinához, kezelési módokhoz és magához a gyógyítókhoz az alapokhoz kell visszatérnünk. A legnagyobb szerep pedig az egyetemeknek jutott az orvostudomány innovációjában. 

Az orvosi tanulmányok rendjét különböző törvények és rendeletek szabályozták. Az európai egyetemek felépítésükben nagy hasonlóságot mutattak, mivel a legtöbb iskola a Salerno-i egyetem alapján építette ki alapszervezetét. Ahhoz, hogy valaki az általam vizsgált időszakban praktizáló orvossá válhasson, kilenc évig kellett orvosi tanulmányokat folytatnia. A kilenc évből öt évet töltöttek érdemlegesen a szakmai tudás megszerzésével. Az első három évben azonban minden orvoshallgatónak el kellett végeznie kollektíven egy filozófiai, bölcseleti előkészítőt, a végső vizsga letételéhez pedig egy évig praktizálni is kellett, melyet csak felügyelet mellett teljesíthettek.

Az előkészítő studiumokat (első három év) nagy részben  Arisztotelész és Albertus Magnus természettudományi és filozófiai művei, valamint asztrológiai vonatkozású munkák tették ki. A sikeres vizsgák után a diákot Magister Philosophiae-vé avatták, és ezt követően kezdhetett bele az orvosi tanulmányokba. Ezt az időszakot Galenus Mikrotechné-je, Hippokratész Aphorismái, a Prognosticon, Honein Isagoge-ja, valamint Avicenna Kánonjának egyes fejezeteinek tanulmányozásával kezdték. A második évben kezdtek hozzá a gyakorlati tanulmányokhoz: ekkor dietetikával, gyógyszertannal illetve pulzus- és vizeletvizsgálattal foglalkoztak. A soron következő harmadik évben a láztan, a betegségek és terápiájuk tették ki a tananyagot, az utolsó két évben pedig Hippokratész és Galenus e tárgyra vonatkozó iratait elemezték, és ekkor merültek bele az anatómiai, a sebészeti és érvágási tanulmányokba. Ismerve egy orvostanonc tantervét, máris feltűnhet, hogy ebben az időszakban – a kora újkor hajnalán – orvosi kutatásokkal, mint olyanokkal egyáltalán nem foglalkoztak. Az orvosok természetesen tapasztalataik alapján áttérhettek sajátos kezelési módokra, ám erre igencsak alacsony igény volt az esetleges súlyos következmények tudatában.

Akik az előkészítő három évet követően elérték a baccalaureatus fokozatát, de nem kívántak belevágni a további megpróbáltatásokba, a végzettségükkel tanársegédek lehettek, de nem praktizálhattak. A legnagyobb tudományos végzettséget a doktori cím jelentette, mellyel a tanításhoz szerezték meg a jogot. Előfordult, hogy az egyetemen évekig egy mestertől tanulhattak, de a nagyobb egyetemeken is csak mindössze 4-5 professzor örökítette tovább tudományát. A diákok pedig nem fakutásonként, hanem nemzetségenként tömörültek csoportokba.

A kora újkorban azonban nem csak kizárólag egyetemet végzett orvosok láttak el egészségügyi feladatokat, hanem különböző gyógyítók is - a mai gyakorlattal ellentétben. Bár legitimnek természetesen csak a diplomával rendelkezőket fogadták el, ez nem változtatott azon a tényen, hogy a gyógyítók különböző csoportjai is végezték ezt a feladatot. Ezek általában olyan orvos tanoncokból álltak, akik csak a baccalaureatus-i címet szerezték meg. A XIV-XV. századokban számos rendelet született, mely az ilyen „képzetlen” baccalaureusok, a még tanulmányaikat folytató diákok és az egyéb személyek engedély nélküli praktizálásának akart véget vetni, érdemi eredményt azonban nem sikerült elérni vele.

"A legnagyobb hiba, amit az orvosok elkövetnek, hogy a testet anélkül próbálják meggyógyítani, hogy az elmét is gyógyítani próbálnák. Pedig az elme és a test egy, és nem szabadna külön kezelni.”

Platón

Kezdetben a sebészetet teljesen különválasztották az orvostudományi tanulmányokon belül. Henry de Mondeville (1260-1325) volt az első, aki azon fáradozott, hogy megértesse az illetékesekkel, hogy a sebészethez is ugyanazok az elméleti tanulmányok szükségeltetnek, mint az orvosi tevékenységhez és ezért nekik is az egyetem teljes jogú tagjainak kellene lenniük. Ez kezdetben nem mindenhol talált azonnali elfogadásra, ugyanis a sebészetet ekkor csak művészkedésnek tartották.  Ebből is látszik, hogy a korabeli orvostudomány a betegségeket csak felületesen kezelte, és nem volt még meg a törekvés arra, hogy a betegségek okait, tulajdonságait kutassák. A kor szellemiségében még mindig fontos helyet foglalt el a miszticizmus, a természettudományok még kiforratlanok voltak és nem igazán tudták a korabeli emberek társítani a vallásos léthez a tudományokat. Még a XIV-XV. századokban is jelen van a gyógyító királyok hagyománya, a kézrátéttel való gyógyítás és Isten szerepe mindebben. A technika fejlődésével, a természettudományok fokozatos elfogadtatásával azonban olyan társadalmi változások következtek be, melyek egyre inkább készen álltak az orvostudomány racionalizálásához.

A diplomával nem rendelkező gyógyítók csoportjához tartoztak a fürdőorvosok, a szemészorvosok, a fogorvosok, a franciaorvosok, a sérv- és kőmetszők, csakúgy mint a herélő-miskároló mesterek és a tábori sebészek is (felcserek). Mivel ezeknek a szakmáknak nem volt túl nagy forgalmuk egy adott helyen, nem volt ritka, hogy valaki halmozta ezeket a foglalkozásokat. Azonban egyre inkább gyakorlottá vált az, hogy az ezen mesterségeket végzők is eljutottak valamilyen szintig az orvosi tudományokban.

• A fürdőorvosok nyújtották a legsokoldalúbb szolgáltatásokat: a vendégek nem csak tisztálkodási lehetőségeket kaptak (mely már magában nagy szó volt a korban), de fejfájás esetén lékeltek, fáradtság esetén köpölyöztek is a fürdősök.
• A szemészorvosok feladatkörébe beletartozott a hályogműtét, a sebészeti és megőrző beavatkozások, valamint különleges esetekben a szemüvegkészítés.
• Kezdetben a fogorvosoknak azokat tekintették, akik a vásárok és karneválok idején a „szerencsétlenek” fogát távolították el, majd a kora újkorra már egyre inkább kibővült repertoárjuk – ettől kezdve sebészeti beavatkozásokat is végeztek a szájüregben (például nyúlszáj esetében), de a kora újkortól terjedtek el a fogpótlások is, így ez is tevékenységükhöz tartozott.
• A franciaorvosok kimondottan a szifilisz gyógyítására specializálódtak.
• A sérv- és kőmetszők a lágy- és hegsérvet gyógyították: ez a betegség többek között nehéz terhek cipelésétől alakul ki. Hagyományos kezelési gyógymódja az volt, hogy a kitüremkedő részt sérvkötővel vagy sérvszalaggal támasztották meg. Abban az esetben, ha ez nem volt elegendő, operációra volt szükség: a hasfalat a sérv fölött megnyitották, a bélhurkot visszatolták a hasüregbe és a vágást pedig összevarrták. Hólyagkő esetén a bélen keresztül megnyitották a hólyagfeneket és a köveket eltávolították a hólyagból. Jacques Beaulieu (1651-1714) volt az az utazó sebész, aki bevezette az oldalirányból történő gát felőli metszést, amivel jobb eredményeket ért el, mint elődei. Beaulieu 46 évesen kapta meg engedélyét XIV. Lajostól. 1701-ben tért vissza Párizsba, ameddig az időpontig 38 lithotomiát és 14 sérvműtétet hajtott végre – egyetlen haláleset nélkül. Ezek a műtétek még manapság sem teljesen veszélytelenek, el lehet tehát képzelni, hogy akkoriban mekkora volt a sikeres műtétek aránya. Az érzéstelenítések és a műszerek kezdetlegessége nem csak a fájdalmat növelte, de annak az esélyét is, hogy egy esetleges műhiba lép fel.

A XVIII. Század végéig az orvostudományt alátámasztó elmélet az „egyensúlymodell” volt. Az emberre nem önmagában álló lényként néztek, hanem mint egy egész részére.  Az ember csak akkor volt egészségesnek tekinthető, ha teste egyensúlyban volt – ezt a fizikai, lelki és a környezeti erők befolyásolták. A lélek porhüvelyének tartott test karbantartása így egyre fontosabbá vált. Ahhoz, hogy ez minél sikeresebb legyen, szükség volt arra a „reformra”, hogy a betegségekről a lehető legtöbbet tudjanak meg, a kezeléseket pedig személyre szabottan alkalmazzák.  Az orvosok társadalmi elfogadottsága a kora újkor elején még nem volt túl magas szinten, éppen ezért volt szükség arra, hogy az orvosok szervezetekbe tömörüljenek, és együtt vegyék fel a harcot a kort sújtó járványokkal.